Организация в 2007г получила за 9 мес прибыль. В связи с этим платила авансовые платежи в 4 кв 2007 и 1 кв 2008. По итогам 2008г был получен убыток . В дальнейшем организация получает прибыль , но авансы не перечисляет т.к имеет право зачитывать в течении 10 лет убыток прошлого периода. Как быть с авансовыми платежами за 2007,2008гг. Может ли ИФНС отказать в зачете т.к прошло 3 года

Обязательно откажет. Практика не очень хорошая для налогоплательщиков, т.к. суды исходят из того, что плательщик должен был знать о переплате, если составлял декларацию, поэтому соблюдать 3-х летний срок - его проблема.

Статья 287. Сроки и порядок уплаты налога и налога в виде авансовых платежей

По итогам отчетного (налогового) периода суммы ежемесячных авансовых платежей, уплаченных в течение отчетного (налогового) периода, засчитываются при уплате авансовых платежей по итогам отчетного периода. Авансовые платежи по итогам отчетного периода засчитываются в счет уплаты налога по итогам следующего отчетного (налогового) периода.

Если в течение 2008 года были убытки, то переплата по авансовым платежам за 1 квартал должна быть выявлена за полугодие - то есть по сроку 28.07.2008г. В то же время ст. 287 дает возможность зачесть авансовые платежи по итогам 2008 года, то есть налогового периода. Срок для этого - дата декларации за 2008 год, то есть 28.03.2009г., то есть время еще есть!

Можно и похамить - составить акт сверки и биться в суде, терять уже нечего. Часто суды рассматривают дату акта сверки как начало течения трехлетнего срока.

КОНСТИТУЦИОННЫЙ СУД РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ОПРЕДЕЛЕНИЕ
от 21 июня 2001 г. N 173-О
Из содержания указанных положений в их взаимосвязи следует, что оспариваемая норма направлена не на ущемление прав налогоплательщика, который ошибся в расчете суммы налогового платежа по какой-либо причине, в том числе вследствие незнания налогового закона или добросовестного заблуждения, а напротив, позволяет ему в течение трех лет со дня уплаты налога предъявить налоговому органу обоснованные и потому подлежащие безусловному удовлетворению требования, не обращаясь к судебной защите своих законных интересов. В то же время данная норма не препятствует гражданину в случае пропуска указанного срока обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы в порядке гражданского или арбитражного судопроизводства, и в этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права (пункт 1 статьи 200 ГК Российской Федерации).


Можно рассмотреть вопрос и об уточнении декларации, если Вами не учитывались авансовые платежи из-за убытка, которым уменьшалась налоговая база. То есть, возможно, правила составления декларации не соблюдались, расчеты по авансовым платежам не выводились. Тогда потребуется уточненка (с камералкой, естественно).

Есть также вариант уточнения декларации на сумму признаваемого убытка, чтобы образовавшийся налог покрыл авансовые платежи, но это решение требует анализа ситуации и рисков отказа в подобном зачете.

В любом случае судебный порядок зачета можно гарантировать, т.к. мотивом отказа будет 3 года с момента уплаты в соответствии со ст. 78, что не всегда поддерживается судами.

Обратите внимание на эту позитивную информацию - ВАС дал чертей ФАС СКО в Вашу пользу.

Постановление Президиума ВАС РФ № 17750/10 от 28.06.2011
Общество «Гулькевичигорэлектро» vs Инспекция ФНС по Гулькевичскому району Краснодарского края
Дело об исчислении срока обращения в налоговую инспекцию с заявлением о возврате излишне уплаченного налога на прибыль
В случае когда налогоплательщиком не было заявлено требование о возврате излишне уплаченного авансового платежа, произведенного по итогам отчетного периода, данный платеж как результат финансово-хозяйственной деятельности налогоплательщика учитывается на дату окончания следующего отчетного и налогового периода.
Определение окончательного финансового результата и размера налоговой обязанности по налогу на прибыль производится по итогам налогового периода не позднее 28 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом (п.4 ст.289 НК РФ).
Таким образом, налогоплательщик вправе обратиться в налоговую инспекцию с заявлением о возврате излишне уплаченного налога на прибыль в течение трехлетнего срока (п. 7 ст. 78 НК РФ) с момента подачи декларации по налогу на прибыль, представленной по итогам налогового периода.